On appelle traditionnellement « peste noire » le moment paroxystique de la deuxième pandémie de peste, qui se diffuse en Europe à partir de 1347. Elle constitue à ce jour la plus grande catastrophe démographique de l'histoire de l'humanité. L'ouvrage prend appui sur les progrès conjoints de l'archéologie funéraire et de l'anthropologie, mais aussi de la microbiologie et des sciences de l'environnement, qui en ont révolutionné l'approche.

Peste noire propose une histoire globale et sociale d'un événement de longue durée, qui déborde les frontières chronologique, géographique et disciplinaire. Car la peste met à l'épreuve ce que peut l'histoire dès lors qu'elle se montre accueillante à l'apport de toutes les sciences du passé, y compris lorsqu'elles fouillent les archives du vivant et celles de la Terre. Elle fut, historiquement, une mise à l'épreuve de la capacité des pouvoirs et des sociétés humaines à faire face à la mort de masse. Proposant aussi une histoire d'après la peste, Patrick Boucheron répond à des questions plus récentes, relatives notamment aux paysages et à l'habitat, à l'environnement d'une manière générale, à l'histoire non seulement démographique mais sanitaire des populations survivantes. Il propose de saisir toute cette histoire non seulement après ou d'après la peste, mais « depuis » elle, comme événement et comme durée dans le temps.